Храм является воссозданной копией Покровской церкви постройки 1708 г., находившейся до 1963 года в Вытегорском погосте. Проект восстановления был разработан А. В. Ополовниковым ещё сразу после гибели храма по обмерам, произведённым им в 1956 году. Однако на прежнем месте храм так и не был построен. Восстановление церкви на новом месте осуществлялось по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и при поддержке Председателя Правительства Российской Федерации В. В. Путина.